Dal 1996 al piano superiore sono aperte alcune collezioni eterogenee.
Raccolta egizia "Giuseppe Acerbi" Giuseppe Acerbi (1773-1846) illustre cittadino mantovano (di Castel Goffredo), fu Console d'Austria in Egitto. Nel 1829 partecipò ad alcune fasi della celebre spedizione archeologica condotta da Jean François Champollion il decifratore dei geroglifici. Tra la fine degli anni Venti e i primi anni Trenta del secolo, ebbe modo di formare un'importante raccolta di materiali archeologici, che nel 1840 donò alla città di Mantova. Introdotta da una saletta didattica, la sua collezione è interamente esposta. Particolarmente interessanti le sculture della prima sala, talora arricchite da iscrizioni geroglifiche che includono cartigli reali; la grande testa bronzea della regina Arsinoe, sposa di Tolomeo III; gli amuleti, con frequenti raffigurazioni di animali sacri e divinità; gli shuebte; i vasi canopici di Alabastro; il gatto di bronzo, straordinario per eleganza e dimensioni; la scultura lignea raffigurante il cane Anubi. Gatto di bronzo, XXV-XXVI dinastia Il cane Anunbi, Nuovo Regno Busto di dea, Nuovo Regno, XX dinastia Temi didattici: Gli oltre 500 pezzi esposti, che documentano la storia dell'Egitto dalle antiche dinastie al periodo ellenistico e alla dominazione romana, offrono la possibilità di effettuare utili verifiche sugli argomenti di storia e di storia dell'arte studiati nella scuola. In particolare possono essere prese in considerazione testimonianze su: modalità di raffigurazione delle divinità e del faraone; cerimonie funebri; religione e struttura sociale; rapporto con la natura come fonte di ispirazione artistica; materiali e tecniche artistiche; la figura del collezionista e gli albori dell'egittologia. Sezione gonzaghesca La sezione è costituita da materiali legati prevalentemente alla storia mantovana di età gonzaghesca (1328-1707): una raccolta numismatica, una collezione di coni e punzoni, l'antica serie di pesi e misure dello Stato di Mantova. L'esposizione si sviluppa lungo l'affascinante percorso dell'ala occidentale, ove un ponte di trentacinque metri consente di ammirare la struttura delle sottostanti volte progettate da Giulio Romano. Raccolta di pesi e misure Sono esposti i campioni delle unità di peso e misura (lunghezza e capacità) dello stato gonzaghesco. Tanto il pezzo più antico, uno staio del 1146, quanto i 22 pezzi del 1554 sono bellissime fusioni in bronzo, preziosamente ornate. Interessante notare come l'autorità di governo stabilisse precise unità di misura per i generi più disparati, dall'olio da ardere, al vino, ai mattoni, alle tegole. Misura di peso ad anfora Collezione numismatica Le 560 monete documentano bene la produzione della zecca di Mantova dal 300 al 700. La monetazione gonzaghesca è particolarmente apprezzata per la varietà e la bellezza dei tipi, oltre che per la qualità del conio. Inoltre è esposta una raccolta di medaglie dei Gonzaga e di illustri personaggi mantovani, interessante per la qualità dei pezzi e per i soggetti effigiati. La collezione è completata da una scelta dei coni serviti per fabbricare le monete di Mantova e dei punzoni utilizzati per imprimere le immagini sul conio. Medaglia di Gianfrancesco Gonzaga(1394-1444) Temi didattici Dalla storia della città di Mantova e dei sui principi, al contenuto emblematico di monete e medaglie, alla storia dell'economia, alle tecniche di coniazione o formatura dei pezzi, ai motivi iconografici, spesso riferibili al mondo classico. La sezione è dotata di un apparato didattico che approfondisce la tecnica della coniazione, della fusione a cera perduta, della funzione delle unità di peso e misura. Collezione mesopotamica "Ugo Sissa" È stata concessa in deposito al museo di palazzo te dagli eredi di Ugo Sissa, grande architetto e pittore mantovano (1913-1980), che ricoprì il prestigioso incarico di capo architetto a Baghdad trra il 1953 e il1958. La sua collezione, tra le pochissime raccolte pubbliche di arte mesopotamica in Italia, è costuituita da circa 250 pezzi e risulta di notevole importanza anche per l'estensione cronologica dei reperti, databili tra la fine del VI° millennio a.C. e la fine del I° millenio d.C. Particolare di tavoletta, II millennio a.C. Temi didattici Numerosi sono gli spunti ricavabili, dalle informazioni sulla vita quotidiana, registrate sulle tavolette incise a caratteri cuneiformi, ai temi storici suggeriti da documenti come il mattone che reca impresso il nome del re Nabucodonosor, agli oggetti che presentano figure collegabili al mito di Gilgamesh, e di conseguenza al racconto biblico del diluvio universale. Altre osservazioni utili possono legarsi alla varietà di materiali tecniche, al significato magico e apotropaico degli amuleti, all'uso delle statuette votive. Donazione Arnoldo Mondadori La sezione comprende 19 dipinti di Federico Zandomeneghi (1841-1917) e 13 di Armando Spadini (1883-1925), raccolti nel corso della sua esistenza da Arnoldo Mondadori e donati a Palazzo Te dagli eredi dell'editore. La collezione costituisce il principale riferimento per studiosi e appassionati, poichè ospita il maggior numero di opere dei rispettivi artisti. Federico Zandomeneghi, veneziano di nascita si formò a Firenze, passando dalle esperienze dei macchiaioli a una pittura impregnata di contenuti realistici e sociali. Nel 1874, trasferitosi a Parigi legò la propria produzione a quella degli impressionisti e in particolare all'arte di Degas, del quale era amico personale. Federeco Zandomeneghi, La lezione Armando Spadini, fiorentino, prese le mosse dalla pittura dei macchiaioli per passare al simbolismo e approdare, sul temine della sua breve esistenza, a una rimeditazione dell'impressionismo, per indagare gli eventi della vita quotidiana e gli affetti familiari.  Armando Spadini, Villa Borghese Temi didattici Sono anzitutto quelli monografici sui due artisti, riscoperti e rivalutati in anni recenti, grazie anche alla collezione esposta a Palazzo Te. Si possono introdurre inoltre altre riflessioni: arte e impegno sociale alla fine dell' Ottocento; macchiaioli; la poetica dell’impressionismo; seguaci dell’impressionismo; le tecniche: pittura ad olio e a pastello nell’Ottocento.